مقدمه: سیر یکی از گیاهان دارویی است که اثربخشی آن در درمان فشار خون ملایم و پروفایل چربی‌های خون ثابت شده است. هدف: در این مطالعه میزان آلیسین و خصوصیات گیاهشناسی اکوتیپ‌های سیر در مرحله پیش از کشت مورد مطالعه قرار گرفت. روش‌ تحقیق: شاخص‌های مورفولوژیک مورد مطالعه در مرحله ‌پیش از کشت مشتمل بود بر میانگین وزن سیر، میانگین وزن سیرچه و تعداد سیرچه تشکیل‌دهنده هر سیر. میزان آلیسین با استفاده از دستگاه HPLC اندازه گیری گردید. همچنین بر اساس نتایج حاصل از این تحقیق همبستگی‌های موجود بین صفات نیز محاسبه گردید. نتایج: کلیه اکوتیپ‌ها مورد مطالعه از نظر مقدار آلیسین بسیار عالی بوده و آلیسین موجود در آنها بیش از استاندارد بین‌المللی توصیه شده (5/4 میلی‌گرم بر گرم) بود. نتایج حاصل از این مطالعه با استفاده از روش تجزیه کلاستر مورد پردازش قرار گرفته و اکوتیپ‌ها بر اساس میزان شباهت‌های مورفولوژیک و بیوشیمیایی در دندروگرامی متشکل از شش گروه اصلی جای گرفتند. نتیجه‌گیری: در این مطالعه ارتباط معنی‌داری بین تنوع ژنتیکی و منشای جغرافیایی به دست نیامد بنابراین چنین به نظر می‌آید که عوامل ژنتیکی بیش از عوامل محیطی در خصوصیات بیوشیمیایی نقش دارند.