واکنش‌های شیمیایی که در گیاهان روی می‎دهد به عنوان متابولیسم شناخته شده و متابولیت‌های اولیه شامل ترکیبات بیوشیمیایی مهم یعنی کربوهیدرات‌ها، پروتئین‌ها و چربی‌ها می‎باشند. سایر ترکیبات بیوشیمیایی که جزء این سه گروه نباشد به عنوان متابولیت‌های ثانویه شناخته می‎شوند که دامنه‎ وسیعی از مواد مانند ترکیبات دارویی، چاشنی‎های غذایی، حشره‎کش‌ها و رنگ‌های طبیعی را شامل می‎شوند. کشت بافت گیاهی یکی از مهم‎ترین تکنیک‌ها در راستای تولید صنعتی متابولیت‌های ثانویه است زیرا پتانسیل تولید این مواد در شرایط طبیعی بسیار محدود می‌باشد. تکنیک‌های مورد استفاده در این زمینه عمدتاً عبارتند از: کشت سلول، کشت اندام و کشت ریشه‌های مویین. از طریق کشت سلول‌های گیاهی به روش‌های مختلفی می‎توان میزان تولید متابولیت‌های ثانویه را افزایش داد که از این روش‌ها می‌توان به انتخاب لاین‌های سلولی با تولید بالا، تغییر عناصر غذایی و هورمون‌های محیط کشت، بهینه‌سازی شرایط کشت، استفاده از تکنیک انگیزش و همچنین انتقال ترکیبات تولید شده در شرایط in situ اشاره نمود. به طور کلی می‎توان گفت که استفاده از این تکنیک‌ها‌ در تولید برخی ترکیبات دارویی طبیعی می‌تواند سود اقتصادی بالایی را به همراه داشته باشد.