مقدمه: گیاه دارویی رازیانه (Foeniculum vulgar) متعلق به خانواده چتریان است که دارای کاربردهای فراوانی در صنایع دارویی و غذایی می‌باشد. هدف: در این مطالعه، تأثیر هضم آنزیمی محصول RAPD - PCR به منظور افزایش کارایی نشانگر RAPD در ارزیابی تنوعات ژنومی مورد بررسی قرار گرفت. روش بررسی: پس از تکثیر DNA ژنومی 15 جمعیت رازیانه با استفاده از 9 آغازگر RAPD، بخشی از محصول PCR توسط دو آنزیم برشی MseI و EcoRI مورد هضم قرار گرفت. سپس محصول PCR هضم شده و بدون هضم، با استفاده از الکتروفورز ژل آگارز تفکیک شد. برای تعیین کارآیی نشانگرها در تفکیک ژنوتیپ‌های مورد مطالعه، از معیار میزان اطلاعات چند شکلی (PIC) و برای گروه‌بندی نمونه‌ها از تجزیه خوشه‌‌ای استفاده شد. همچنین درصد اسانس و اجزای تشکیل‌دهنده آن در جمعیت‌های فوق با استفاده از دستگاه کروماتوگرافی گازی متصل به طیف‌سنج جرمی تعیین شد. نتایج: مقایسه الگوی باندی محصول PCR هضم شده و هضم نشده نشان داد که استفاده از یک آنزیم چهاربازبر مانند MseI برای هضم قطعات حاصل از تکثیر RAPD-PCR می‌تواند تا حد قابل توجهی میزان چندشکلی را نسبت به روش RAPD استاندارد افزایش دهد. همچنین تجزیه کلاستر بر اساس داده‌های حاصل از روش RAPD تغییریافته، جمعیت‌ها را به صورت مناسب‌تری گروه‌بندی نمود. نتیجه‌گیری: به عنوان یک نتیجه کلی، هضم آنزیمی مناسب محصول PCR می‌تواند کارایی نشانگر مولکولی RAPD را تا حد قابل توجهی در بررسی تنوعات در سطح ژنوم بهبود بخشد. از سوی دیگر نتایج نشان داد که میان عملکرد اسانس و تنوع ژنتیکی موجود همبستگی وجود ندارد.