مقدمه: بابونه یکی از مهم‌ترین و قدیمی‌ترین گیاهان دارویی در دنیا می‌باشد که توسط انسان شناخته شده است. منشای اصلی و مرکز خزانه ژنی این گیاه منطقه مدیترانه به ویژه ایران می‌باشد. هدف: هدف از این مطالعه بررسی ترکیبات شیمیایی اسانس بابونه در مناطق مرکزی و جنوب ایران و مقایسه آنها با یکدیگر می‌باشد. روش بررسی: در این تحقیق 9 نمونه گل بابونه از مناطق مرکزی و جنوبی ایران (تهران، اصفهان، شیراز، کرمان، گچساران، بابامیدان، نورآباد فارس، بهبهان و لارستان) در بهار سال 1385 جمع‌آوری شده و توسط آنالیز کمی- کیفی مواد شیمیایی اسانس بابونه (GC/MS) مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج: نتایج نشان می‌دهد که رشته کوه زاگرس جمعیت بابونه ایران را به دو دسته تقسیم می‌کند: یکی بخش جنوبی ایران با میزان بسیار بالای آلفابیزابولول (58 - 55 درصد) و میزان اسانس کمتر مانند بابامیدان و نورآباد و دیگری بخش مرکزی کشور با میزان آلفابیزابولول اکساید آ بسیار بالا (60-50 درصد) و میزان اسانس بیشتر مانند تهران و اصفهان. نتیجه‌گیری: تنوع بابونه به منطقه‌ای که در آن به وجود آمده و طی مدت‌ها در آن تکامل یافته و تاثیرات شرایط اکوفیزیولوژیکی (عوامل زنده و غیرزنده) در مناطق رشد جمعیت‌های بابونه بستگی دارد.