مقدمه: گل راعی یکی از گیاهان مهم دارویی ایران است که عمدتاً در درمان افسردگی و همچنین میگرن استفاده می شود. هدف: به منظور بررسی تنوع ژنتیکی گل راعی، جمعیت های جمع آوری شده این گیاه از نقاط مختلف کشور در پژوهشکده گیاهان دارویی جهاددانشگاهی کشت و از نظر تنوع ژنتیکی و همبستگی آن با پراکنش جغرافیایی مورد بررسی قرار گرفتند. مورد EcoRI و Tru1I استخراج شد و با آنزیم های CTAB ژنومی از بافت بر گهای جوان به روش DNA : روش بررسی هضم قرار گرفت. تکثیر قطعات حاصل هضم با 12 ترکیب آغازگری طبق روش وس و رن گآمیزی ژل آکریلامید با استفاده از نیترات نقره بر اساس روش باسام انجام گرفت. نتایج: در مجموع 235 باند قابل امتیازدهی مشاهده شد که 97 درصد از آنها چند شکل بودند. مقادیر محتوای اطلاعات چندشکلی 0/ 0 بود. میزان تشابه ژنتیکی جمعیت ها نیز از 29 / 0/31 با میانگین 38 ≤ PIC ≤ 0/ برای جفت آغازگرهای استفاده بین دو مقدار 45 0 متغیر بود. کلاستربندی جمعیت ها بر اساس جمعیت و منطقه نشان از تنوع ژنتیکی و گستره بالای رویشگاه های گل راعی / تا 89 8/ 12 و 3 / به ترتیب 8 PC و 2 PC و عدم همبستگی میان تنوع ژنتیکی و پراکنش جغرافیایی بود. از سوی دیگر مختصات اصلی 1 درصد از واریانس کل را توجیه کردند. نتیجه‌گیری: وجود تنوع بالا میان جمعی تهای گل راعی ایران امکان اجرای برنامه های به نژادی و مدیریت ذخا یر ژنتیکی را فراهم می سازد. البته تحقیقات گسترده تری روی توانایی تولید و مقدار متابولیت های هیپریسین و هیپرفورین میان جمعیت های این گیاه لازم است.